연구비 부가가치세 논란
연구비 부가가치세 논란
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  • 승인 2014.12.08 05:29
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신정규 전주대학교 식품산업연구소장 / 전주대학교 한식조리학과 교수

부가가치세란 생산 및 유통 과정의 각 단계에서 창출되는 부가가치에 대하여 부과되는 조세로서 모든 재화 또는 용역의 소비행위에 부과되는 일반 소비세를 말하며, 최종 소비자가 납부하게 되는 간접소비세에 해당이 된다.

2014년에 들어서면서 각 대학에서는 바로 이 부가가치세 때문에 혼란을 겪고 있다. 많은 대학들이 정부, 공공기관, 그리고 기업으로부터 수주하여 진행하고 있는 연구비에 대해서도 부가가치세가 부과되었기 때문이다.

기획재정부는 2006년에 마련된 부가가치세법 시행령에 명시되어 있던 연구용역에 대한 ‘부가가치세 면세에 대한 특례 조항’이 2013년 12월 31일 종료되면서 2014년 1월부터 산학협력단의 이름으로 계약되는 모든 과제에 대해 부가가치세를 부여했다는 입장이다.

대학의 산학협력단을 이익을 창출하는 사업자로 규정하고 사업자가 수행하는 용역에 대해 부가가치세를 부가하였다고 볼 수 있는 것이다. 그런데 대학의 산학협력단은 대학의 모든 연구용역과제를 담당하고 있다. 즉 대학의 교수들이 수행하고 있는 모든 연구과제가 산학협력단을 통해서 수주되고 있는 것이다. 따라서 산학협력단이 수행하는 과제에 대한 부가가치세는 바로 대학 교수들이 수행하는 모든 연구과제에 부가가치세를 부과하는게 되었고 결과적으로 실질적인 연구비의 감소를 가져오게 되었다.

물론 부가가치세법 시행규칙에 보면 ‘새로운 학술 또는 기술 개발을 위하여 수행하는 새로운 이론방법공법 또는 공식 등에 관한 학술 및 기술 연구 용역’은 부가가치세 면세 적용을 받을 수 있도록 되어 있다. 하지만 여기에서 면세대상인 학술연구용역/기술연구용역의 판단 기준을 아무도 정확히 제시하지 않고 있다는 것이다.

그리고 학술연구용역/기술연구용역이라는 판단 근거를 연구과제를 진행하는 교수(산학협력단)가 입증하여야 하고 이를 입증하지 못할 경우 추후 세무상의 불이익을 받게 되는 상황이 벌어지게 되어 산학협력단은 모든 과제에 대해 부가가치세를 부과할 수 밖에 없는 상황인 것이다.

연구비에 대한 부가가치세의 부과를 바라보는 연구자들은 우선적으로 연구비 감소에 따른 연구 활동의 감소를 우려할 수밖에 없다. 이미 대학에 연구비에 대한 간접비로 15~30%정도를 납부하고 있는 상황에서 부가가치세 10%를 추가로 공제할 경우 전체 연구비의 25~40%를 제외한 75~60% 정도의 연구비만으로 연구를 수행하여야 하는 것이다.

다른 한편으로는 국가 기술 경쟁력의 전체적인 감소로 이어지는 정책으로 비춰질 수밖에 없다. 연구과제의 상당수가 이공계에 집중되고 있는 상황에서 부가가치세 부가에 따른 연구비의 감소는 결과적으로 기술개발의 지연 내지는 축소로 이어질 수밖에 없다. 대부분의 연구과제비가 이공계 대학(원)생들의 인건비와 연구비로 사용되고 있는 현실에서 이러한 정책은 이공계 연구 인력에 대한 지원 감소와 연결돼 창조경제를 외치면서 기술인력의 양성을 목표로 하고 있는 정부 정책에 역행하고 있다고도 볼 수 있다.

마지막으로는 국가가 제공하는 연구비로 수행하고 있는 연구활동을 스스로 연구가 아니라고 판단하는 모순을 낳고 있다는 것이다. 현재 대학에서 수행되고 있는 연구비의 상당수는 국가 과학기술연구개발비로부터 연구자들이 경쟁방식을 통해 수주하고 있으며, 국가공공기관으로부터 연구비를 지급받고 있다.

그런데 이에 대해 부가가치세를 부과한다는 것은 국가 스스로가 자신들이 지급하는 연구비가 새로운 학문이나 기술의 연구가 아니라고 판단하게 되는 것이다. 현행 세법상으로 산학협력단의 연구용역에 대한 부가가치세 부과가 아무런 문제가 없을 수는 있으나 이는 대학의 연구 활동뿐만 아니라 기술인력의 양성, 국가의 기술 경쟁력에도 악영향을 미칠 수 있다. 정부는 지금이라도 연구비에 대한 부가가치세의 부가에 좀 더 많은 고민을 해야 할 것이라고 본다.


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