2004년말 현재 전국적으로 조성된 식품진흥기금은 3435억원인데 실제 목적 사업에 집행된 기금은 425억원에 불과하고 3013억원은 적립이 됐다. 보건산업진흥원 연구에 따르면 식품진흥기금은 올 연말이면 3758억원이 조성될 것으로 예상되고, 2008년에는 4070억원, 2010년 4382억원, 2015년에는 5162억원에 이를 것으로 예측된다. 2004년의 경우 조성액 중에서 집행된 금액은 12%에 불과했고 다른 연도에도 그와 비슷하다는 점을 감안할 때 지금처럼 운용을 한다면 2015년에는 약 4500억원의 여유자금이 발생하는 꼴이다.
식품진흥기금의 설치 목적이 ‘식품위생 및 국민영양 수준향상’인데 과연 현재 우리나라의 식품위생 및 국민영양 수준향상이 만족할만한가를 따져봤을 때 그 누구도 만족스럽다고 생각하지 않을 것이다. 그런데도 그에 필요한 기금활용은 지지부진한 것이 식품진흥기금이 안고 있는 가장 큰 문제점이다. 이유는 기금이 철저한 계획에 의해서 운용되지 않고 있고, 어느 쪽에서도 이를 제대로 챙기지 않고 있기 때문이다.
기금이 활용되지 않고 적립액이 늘어나고 있으면 문제점을 파악해서 개선을 해야 하는데 운용 주체인 지방자치단체들은 남의 일처럼 생각하고 관심이 없다. 차제에 중앙정부가 개입을 해서 어떤 방법으로든 식품진흥기금 운용을 활성화할 수 있는 대책을 마련하는 것이 시급하다.
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